محطات فلاتر المياه هي قلب نظام الري بالتنقيط. بغض النظر عن مدى نظافة المياه المدخلة، تعمل فلاتر المياه على حماية نظام الري من دخول الحطام. حتى الجزيئات الصغيرة يمكن أن تتسبب في انسداد المنقط. تشمل أنواع الفلاتر المستخدمة عادة: فلاتر الهيدروسيكلون/فواصل الرمال، فلاتر الوسائط (الرملية)، وفلاتر الإجبارية (الشاشة/القرص/Turbo Clean). تعتمد نوعية الفلتر المستخدم على جودة المياه المدخلة، وتعتمد سعته على التصميم والتدفق.

تستخدم فلاتر الهيدروسيكلون/فواصل الرمال لإزالة جزيئات الرمل القادمة من مصادر المياه مثل الأنهار، القنوات، والآبار الجوفية. تُستخدم فلاتر الوسائط لإزالة الشوائب البيولوجية مثل الطحالب والأشياء اللزجة.

يجب أن يكون الضغط عند مدخل الفلتر مثاليًا للحصول على تدفق موحد وتقليل انسداد الجوانب. يعد فرق الضغط بين مدخل ومخرج الفلتر مؤشرًا على حاجة الفلاتر للتنظيف. إذا كان الفرق أكبر من 0.3 كجم/سم²، يحتاج الفلتر للتنظيف. يمكن قياس فرق الضغط باستخدام مقياس ضغط مزود بمجموعات فحص منفصلة للمدخل والمخرج.